紅樹林生態教育館は小さいながらも美しい教育館です。室內の展示タイプとして静態展示スペースやマルチメディア視聴スペースがあり、図と文章による解説、ポスター、照明箱、マルチメディア映像などの方法を運用して、紅樹林（マングローブ）で一番有名な品種－水筆仔（メヒルギ）の成長過程及びマングローブに生息する招潮蟹（シオマネキ）、彈塗魚（トビハゼ）、水鳥類などの生態を紹介しています。また観景台が設置され近距離で保護区を観察でき、更に視野がよくなるビューファインダーを通して壮観で美しいマングローブ、淡水河の河口風景、観音山や壮大で真っ赤な関渡大橋を一望できます。館舎は淡水紅樹林自然保護区に隣接している為、マングローブの生態環境も近距離で観察できます。必要ならば事前に予約申請をして、解説員による案内で屋外の生態小径に入ることができ、マングローブ生態系を体験できます。更に淡水紅樹林生態保護区內の水鳥、潮間帯に生息する生物や多樣な河口生物にふれあう事ができます。