臺灣獼猴、臺灣水鹿、臺灣野豬、山羌、白鼻心、鼬獾、食蟹饛、穿山甲更是名列珍貴稀有保育類的動物。

計有4科13種，如台灣特有的橙腹樹蛙、莫氏樹蛙、褐樹蛙……等，其中橙腹樹蛙更是台灣知名但極其珍貴稀少的青蛙。

計有4科27種，如台灣特有的梭德氏草蜥、台灣草蜥、斯文豪氏攀蜥、其中梭德氏草蜥及台灣草蜥更是名列珍貴稀有保育類的動物。

計有154種，以鳳蝶、班蝶與粉蝶為多，常見玉帶鳳蝶、紅紋鳳蝶、台灣黃蝶、台灣波紋蛇目蝶等活動其中。林下灌叢則因植被較密且較陰暗，出現的蝶種主要以蛇目蝶類為主。另外，珍貴稀有保育類的「黃裳鳳蝶」偶爾會現身招搖在遊客服務中心附近，令人永難忘懷。而每年4～5月許多雲紋粉蝶沿著知本溪活動，群聚於溪邊沙地上吸水之景象最吸引人。

計有40種鳥類。如朱鸝、五色鳥、紅嘴黑鵯、大冠鷲、鳳頭蒼鷹……等。其中朱鸝已列為瀕臨絕種保育類動物，烏頭翁更是台灣特有種鳥類，亦是台東縣縣鳥。本區之上空及鄰近樂山經常可看到猛禽大冠鷲在上空盤旋鳴叫，而每年9月~10月候鳥遷移季節，赤腹鷹、灰面鷲與雀鷹集體遷移之景象最為震撼，其規模與可看性僅次於墾丁。

本區大部分地區為造林地，以樟樹、台灣白腊樹、桃花心木為主，從觀林吊橋之對岸觀賞，森林鬱鬱蒼蒼，鵝黃翠綠錯落有致，感覺賞心悅目。天然林則以次生林為主，並保留有諸多之榕樹，它們以白榕、澀葉榕、幹花榕與九丁榕為多，其中以榕蔭步道沿線之17棵白榕最為奇特。本區之植物景觀尚包括藥用植物園區之200種植物，以及種植數十種之熱帶原生植物。因本遊樂區同時具有暖溫帶、亞熱帶，甚至熱帶雨林的微氣候，為季節性下雨的熱帶森林，蘊育出豐沛活潑的動植物資源及熱帶雨林植物獨特的生命機制：如板根、支柱根、纏勒、絞殺、幹生花與幹生果等。

東部特有原生植物，又稱台灣阿媽，是世界上最美麗的蘭花之一，原產台灣東部海岸山脈到恆春半島與蘭嶼島區域。本遊樂區於民國86年開始復育，如今每年11月到4月，上千棵台灣蝴蝶蘭釋放出的白色花朵，隨風招搖在區內各個角落，美不勝收。

百年大榕樹，台灣僅分布於南端之恆春、台東、蘭嶼、綠島及澎湖等地區，因其樹幹灰白色，故稱之為「白榕」。白榕枝幹上常密生氣根，叢生如鬚，下垂入土成長為粗大的支柱根，宛若樹幹，使其得以形成一棵樹有無數樹幹之奇觀，而有「千根榕」之名。

古老孑遺植物，為雌雄異株的植物，開雄花是「公鐵樹」（雄株），當母鐵樹授粉後，便會結出橢圓形的紅褐色果實。其原始生育地分布於臺東縣海岸山脈及紅葉村鹿野溪上游河谷兩側，為台灣台東特產植物。

是藤類中攀緣的高手，常見其覆蓋在樹冠頂端，一不小心就會將生機較差的樹木給「悶死」。本遊樂區這株酸藤，堪稱台灣數一數二的巨藤，遊客千萬別忘了來此一睹其龍蟠虎踞的植物生長奇蹟。

過去知本大部分為卑南族原住民的居住地，知本原名為卡地布（Kartepel），卑南族語「團結」、「在一起」之意，清代文獻以知本社稱之，為卑南八社之一。知本國家森林遊樂區地處台東縣卑南鄉溫泉村，在台東市西南方約22公里，知本溪流經森林遊樂區南側，而知本溪南屬為卑南族、排灣族的領域，以北則屬魯凱族，過去狩獵、採集時非經允許，不能越界的一個神秘領域。知本國家森林遊樂區內至高點－觀海亭，更為卑南族過去傳統生活領域之範圍所在。

射馬干也就是卑南族知本部落的沙利呀利樣。在日治時代，它是一個座落在知本山越警備道深山駐在所西方的山村；射馬干附近的山林裡有很多野生鹿，經常為害族人所耕種的農作物，因此族人對野鹿深惡痛絕，只好以獵捕方式來維護田園莊稼。

第四代頭目拉瓦拉威，公主沙咪利幹長得非常美麗，有一天到田園散步，偶而遇見一隻神鹿，與之一見鍾情，神鹿腳上掛著琉璃珠，公主很喜歡，於是公鹿將琉璃珠送給公主當信物，每當公主思念神鹿時，便到原先相遇的地方，與神鹿會面。射馬干族人所種植的農作物仍舊持續遭受鹿群的破壞，雖然頭目曾經多次派遣勇士在田園附近埋伏，但是他們運氣不好，始終沒有捕獲任何一隻野鹿。這天，族人又去巡視田園，發現即將收成的小米又被啃食踐踏，只在田間留下清晰的鹿蹄印，頭目接獲報告後大為震怒，下達最後格殺令，全族人動員保護農作物。公主害怕神鹿被射殺，不敢再去與神鹿相會。神鹿思念公主，以為自己出現，公主就會出來相會，結果被部落勇士射殺。族人將神鹿抬回部落，宰殺分享鹿肉，公主不吃鹿肉，要求族人把鹿頭安置好。公主思念神鹿，日夜哀傷，最後撞在鹿角上自殺。族人整理公主衣櫃，發現琉璃珠，才知道公主與神鹿相戀之事，但是已經後悔莫及了。痛失愛女的頭目在悔恨之餘，作了一個重大的決定，他規定從此以後不再獵殺鹿，並且凡是射馬干部落的祭典，祭司都必須把象徵神鹿的琉璃珠，鑲在剖開的、象徵公主的檳榔裡，以作為與祖靈溝通的媒介。